قد تعتقد من شكل الثعبان المرن وحركته السلسة بأنه جسده خال من العظام، لكن على عكس ما تتوقع يحتوي جسد الثعبان على هيكل عظمي شبه متكامل، شبيه بالشكل العام لكل الحيوانات الفقارية.

يتكون الهيكل العظمي للثعبان من أربعة أجزاء أساسية، هي الجمجمة والفقرات والضلوع، وكذلك بقايا أثرية غير متطورة للأطراف، تحمل دليلا على تطورها من أسلاف ذات أربعة أطراف.

ويترواح عدد فقرات الثعابين بين 150 و400 فقرة حسب النوع، تربط بينهم مفاصل شديد المرونة تسهل حركة الثعبان السلسة في كل الاتجاهات، ويتفرع من كل فقرة ضلعين لا يتقاربان عن البطن، ما يسمح للثعابين من ابتلاع فريسة ضخمة.