انتهت نيابة أمن الدولة العليا برئاسة المستشار خالد ضياء الدين، المحامي العام، من كتابة أوراق التحقيقات فى القضية رقم 1040لسنة 2016 والمعروفة إعلاميا بقضية تفجيرات الكنائس "البطرسية والإسكندرية وطنطا"، وذلك عقب إحالة 48 إرهابيا إلى المحاكمة العسكرية، لاتهامهم بتولي جماعة "داعش" الإرهابية وتفجير الكنائس.

كان المستشار خالد ضياء الدين أعد قرار الاتهام بإحالة المتهمين للقضاء العسكري بعد أن كشفت التحقيقات ارتكابهم وقائع التفجيرات وقتل والشروع في قتل مرتاديها وقوات تأمينها والهجوم على كمين النقب وقتل عدد من القائمين عليه من قوات الشرطة والشروع في قتل الباقين والاستيلاء على أسلحتهم وتصنيعهم وحيازتهم سترات وعبوات مرقعة وأسلحة نارية وذخائر والالتحاق بتنظيم داعش الإرهابي خارج البلاد وتلقيهم تدريبات عسكرية بمعسكرات تابعة للتنظيم بدولتي ليبيا وسوريا. 

وكشفت تحقيقات النيابة أن الانتحاري "محمود شفيق محمد مصطفى" هو مرتكب واقعة تفجير الكنيسة البطرسية بالعباسية بتكليف من القيادي بالتنظيم "مهاب مصطفى السيد قاسم"، حيث حضر الانتحاري من محافظة شمال سيناء بعد أن نقله عضو التنظيم "محمود حسن مبارك" بسيارته ماركة هيونداى فيرنا ذهبية اللون، وأقام بمسكن المتهم "رامي محمد عبد الحميد" بمنطقة الزيتون بمحافظة القاهرة. 

وأوضحت التحقيقات أنه بتاريخ 8 ديسمبر الماضي حضر إليه المتهمان عمرو سعد عباس ووليد أبو المجد عبد الله، بعد أن تسلما 3 سترات ناسفة من المتهمين "عزت محمد، حسن حسام، نبيل بدوى" وأقاما معه بذات المسكن، ثم قاموا برصد الكنيسة البطرسية ومحيطها يومي 9 ، 10 ديسمبر الماضي، وفي صباح يوم الأحد 11 ديسمبر ارتدى الانتحاري سترة ناسفة واصطحبه المتهمان عمرو عباس ووليد أبو المجد بسيارة الأخير إلى مقر الكنيسة، فدلف إليه وفجر نفسه مما أسفر عن مقتل 29 وإصابة 45 آخرين، كما عُثر على ملابس وآثار بيولوجية ثبت من فحص البصمة الوراثية لها تطابقها مع البصمة الوراثية لأشلاء محمود شفيق محمد مصطفى الذي تم العثور عليه بموقع الانفجار بالكنيسة البطرسية .