ظهرت الحاجة إلى استخدام علوم الهندسة الوراثية في النباتات، عندما فشلت تلك المحاصيل في مقاومة الأمراض والآفات التي تصيبها، واضطر البشر لاستخدام المبيدات الضارة في مقاومة تلك الآفات، الأمر الذي شكل خطرا على البشر والحيوانات التي تغذت عليها.

وهناك حادثة شهيرة ترجع إلى منتصف القرن التاسع عشر الميلادي، عندما ظهر في أيرلندا أعراض إصابة محصول البطاطس بمرض اللفحة المتأخرة late blight، فظهرت تقرحات على أوراق النبات، وأصابت البقع المنتفخة درنات البطاطس، التي سرعان ما جفت وفسدت بالكامل، ومات أكثر من مليون شخص، وهاجر نحو مليونين خارج أيرلندا.

كانت كائنات دقيقة تسمي بالفطريات البيضية oomycete هي المسببة للمرض، وحتى اليوم ما زال مرض اللفحة المتأخرة يهلك 20% من إجمالي إنتاج محصول البطاطس في العالم، والذي يبلغ 320 مليون طن تقريبا.

ولأن النباتات لا تفلح بمفردها في مقاومة المرض، فقد استخدمت المبيدات الفطرية السامة في رش المحاصيل أكثر من مرة خلال موسم زراعتها، وتهتم الهندسة الوراثية بالبحث عن أفضل الجينات داخل النبات، والمقاومة للمرض، ثم استخلاصها وإضافتها إلى السلالات التي يجري زرعها لزيادة مناعتها وتحسين خواصها، لذلك فإن تلك الجينات المستخلصة هي أنواع مختلفة من البروتينات الطبيعية داخل النباتات، وهي الطريقة الأفضل بالطبع من الاعتماد على الكيماويات الضارة.