ويعتبر بركات واحداً من أبرز نجوم الكرة المصرية والنادى الأهلى، إلا أن بداية تألقه كانت مع النادى الإسماعيلى مواسم 1999 و2000 و2001 و2002، وقاد الإسماعيلى لبطولتى كأس مصر والدورى المصرى.

انتقل محمد بركات بمبلغ قياسي موسم 2002-2003 للأهلي السعودى، استطاع الوصول إلى نهائي الدوري السعودي، وقدم موسما رائعا لكن لم يحالفه الفوز بإنجاز محلى بالرغم من وصول فريقه أهلي جدة إلى جميع النهائيات المحلية في ذلك العام.

عاد محمد بركات إلى مصر بموسم 2004- 2005 عبر بوابات النادي الأهلي بعد إصرار المدير الفني للفريق الأحمر أنذاك البرتغالي مانويل جوزيه على التعاقد معه.