شكلت جماعة الإخوان الإرهابية العديد من الخلايا الإرهابية، لتنفيذ عمليات إرهابية تستهدف الأجهزة الأمنية، وتعطيل نظام الحكم وهدم الدولة المصرية، وحملت تلك الخلايا مسميات مختلفه لتلك الحركات والتنظيمات المسلحة التى خرجت من عباءة جماعة الإخوان، وانتهجت تلك الحركات منهج الإرهاب والعنف، ومن أبرز تلك الحركات الإرهابية وهى: